处于青春期的孩子们会面对不同的问题，低年级的孩子部分会有有好动、注意力不集中的坏习惯，或者出现寡言少语，不愿主动与人交往，把自己封闭起来的问题；而高年级的孩子处于飞速发展时期，身体快速成长的时候心理的成长也需要正确的引导，特别是接近考试的他们压力会更大或遇到无法自我排解的时候，这就需要学校和家庭携手进行干预、辅导，逐步建立全面且深刻的自我认知。
新哲文院建立了独一无二的心理健康成长指导体系，分心理健康讲座、主题晨会、心理咨询、心理社团四个模块，由班主任老师、心理辅导老师以及家长三方共同观察、共同合作，其中心理辅导老师是专业的国家二级心理咨询师。全方位的心理健康成长指导体系在帮助学生的同时，还能促进家长与孩子之间的沟通与理解，建立和谐、互助的家庭关系。
此外，学校的心理健康成长指导中心舒适温馨，让孩子能在放松的心情中倾诉内心的烦恼，并得到正确的引导；心理咨询室旁特别设置的“情绪宣泄室”，里面配有沙包沙袋等，用于给孩子释放心理压力，给心灵透透气；每周一举行的主题晨会，围绕着不同的心理健康主题内容，学生上台表演并获得感悟。另外学校还邀请专业的辅导老师，为正处于青春发育期的懵懂少男少女们开展性教育团体课，比起“避而不谈”的传统教育，学校更希望能通过这样的方式教会他们正确认识自己的生理变化，并学会保护自己。